Perséphone est un pénitencier secret dissimulé sous Rapture, bâti en vue de l’incarcération des dissidents politiques opposés à Ryan. A l’origine, Rapture n’était pas censée disposer d’une prison, mais malgré les réticences de Ryan, le besoin s’en fit rapidement sentir. Augustus Sinclair anticipa cette nécessité et fit construire Perséphone presque immédiatement après la fondation de la cité. Ryan, lui, ne tarda pas à remplir l’endroit d’une population carcérale grouillante et agitée. Les dissidents «�disparaissant » de Rapture comme par enchantement, Sinclair avait toute latitude pour les utiliser comme cobayes ou comme forçats.
L’un de ces détenus n’était autre que Sofia Lamb, envoyée à Perséphone pour avoir ouvertement critiqué les principes individualistes de Ryan. Lamb commença par offrir ses services de psychiatre aux autres détenus, et attira ainsi à elle un groupe d’adeptes suffisamment conséquent pour provoquer une mutinerie, débarrassant Perséphone de Sinclair et de ses hommes. La dernière fois que Sinclair vit sa prison, Lamb en avait pris le contrôle et avait gagné le soutien de tous les détenus. Mais ses motivations restaient bien mystérieuses…
Une imposante tour de sécurité domine l’aile de la détention. L’infirmerie et l’aile thérapeutique offrent un suivi médical des détenus. Le submersible clandestin de Sinclair est amarré à une plateforme au centre de la prison.